这个小岛由于地方偏僻，一度成为了犯罪分子和极端组织分子的避难所。一个叫做“Project at Eden’s Gate”的邪教组织在这个小岛上迅速发展，渐渐地掌握了这个小岛的控制权。
这个邪教组织的领袖是约瑟夫·席德，一个自称是先知的人。他和他的家人，包括他的两个儿子和一个女儿，都是这个组织的核心人物。他们使用各种手段来控制这个小岛上的人民，包括强迫人们加入组织，恐吓、**和炸毁物品以及对岛上的各种资源进行控制。
这种情况终于引起了美国**的注意。**在派遣大批特工和**之前，决定先派遣一位联邦调查局探员进行调查。而玩家所扮演的就是这个联邦调查局探员，他的任务是** 这个邪教组织的秘密，解放这个小岛上的人民。
随着探员侵入这个岛屿，岛上的局势开始变得混乱不堪。探员将会面对信徒的攻击和邪教组织的成员。但探员不是孤军奋战，他会遇到一些反邪教组织的人们和愿意协助他的人，他们将成为探员在这个岛屿上的盟友和支持力量。然而，即便如此，探员还是会面临巨大的挑战，要在与支配这个小岛上的邪教组织的激烈战争中生存下来并胜出。
总体来说，《孤岛惊魂6》游戏的背景设定充满了神秘、恐惧和未知，充满了对邪教组织的批判和控制。这个小岛作为游戏的主要背景，将为玩家展现一个充满危险和惊险的世界，同时让大家思考和反思人性、宗教极端主义等问题。